El Centro se enfoca sobre siete líneas de investigación que de acuerdo a su evolución individual podrán modificarse o transformarse en programas temáticos diferenciados, que actuarían como aglutinantes de las funciones del Centro.

Las líneas de Investigación son:

• Adaptación de la zona costera frente al cambio climático
• Fragilidad ecosistémica y transformación antrópica del espacio costero
• Gobernanza y manejo costero/marino
• Manejo basado en ecosistemas y Co-manejo
• Desarrollo económico sustentable
• Planificación territorial adaptativa
• Herramientas y soportes para el manejo costero